Škoda je razmjerno bezbolno prošla kroz najveći dio II. svjetskog rata, u tvornici je čitavo vrijeme tekla proizvodnja vojnih vozila, kamiona, a u manjoj mjeri i putničkih automobila, pod njemačkom upravom…
No stoga je tvornica Škoda potkraj rata postala učestala meta savezničkih bombardiranja. Najžešći napad, 25. travnja 1945., gotovo je sravnio sa zemljom pogone. Nakon prolaska Crvene armije 8. svibnja 1945. nije ostalo praktički ništa upotrebljivo. Ipak, po završetku II. svjetsko rata odlučeno je da će se nastaviti proizvodnja nekolicine predratnih modela.
No država Čehoslovačka je rascijepala nekadašnji koncern čiji je vlasnik bio Emil Škoda i zasebne cjeline prvo nacionalizirala, a potom dala na upravljanje nadležnom komitetu. U zemlji bogate industrijske tradicije to je ipak funkcioniralo mnogo bolje nego drugdje i Škoda se ubrzo oporavila te do kraja 1960-ih bila respektabilna marku, s dobrom prodajom i u kapitalističkom dijelu Europe.
Tehnološko i kvalitativno zaostajanje za Zapadom tvrtke iz Mlade Boleslave dogodit će se tek nakon sovjetske intervencije 1968., a veliki oporavak nakon preuzimanja od strane koncerna Volkswagen.
